الأمانة العامة هي الجهاز الإداري والتشغيلي للهيئة (أيوفي). يرأس الهيئة الأمين العام، ويعين بقرار من مجلس الأمناء. وتكون الأمانة العامة مسؤولة عن تسيير الأعمال اليومية للهيئة وإعداد المعايير (بالتنسيق مع المجالس الفنية للهيئة) وتنفيذ كافة الأنشطة المتعلقة بإصدار المعايير ونشرها وتطبيقها. تتكون الأمانة العامة من الأمين العام والأجهزة الفنية والإدارية وغيرها.