تهدف لجنة التدقيق إلى تقديم العون لمجلس الأمناء في تحقيق الرقابة المستقلة والموضوعية من خلال الوظائف التالية:
أ) الحفاظ على نزاهة عملية إعداد التقارير المالية والإشراف على علاقة الهيئة (أيوفي) مع المدقق الخارجي ووظيفة التدقيق الخارجي، وإعداد القوائم والتقارير المالية واللوائح والأنظمة المالية للهيئة (أيوفي).
ب) حماية مصالح الأعضاء وغيرهم من أصحاب المصالح بالإضافة إلى الصناعة المالية الإسلامية الدولية بدون تحيز.
ج) تقديم الضمانات الإضافية حول موثوقية المعلومات المالية المقدمة إلى المجلس.
د) العمل كصلة وصل مستقلة بين إدارة الهيئة (أيوفي) وأصحاب المصالح فيها.